Разработкой игры занималась Ensemble Studios, но после того, как Microsoft в 2009 году распустила команду, основатели Ensemble Studios создали Robot Entertainment, которая в настоящее время занимается поддержкой Age of Empires III и аддонов.

Игры серии Age of Empires часто разрабатывались сходным образом. Ввиду их общей темы — исторических событий, разработка игр серии требовала больших объёмов исследований. Разработчик Age of Empires Брюс Шелли отметил, что исследования при разработке игры не проводились «вглубь», так как Ensemble Studios сочли, что «Полное, детализированное исследование… — не лучшая идея для большинства развлекательных продуктов». Он также заявил, что большинство справочного материала для игры было взято из детских секций библиотек, объяснив это тем, что «цель — удовольствие игроков, а не создателей или разработчиков». Позже, в 2007 году, Шелли продолжил развивать эту идею, объяснив на Games Convention Developers Conference, что успех серии заключен в «создании игры, привлекательной и случайному, и опытному игроку». Шелли также заметил, что игры Age of Empires были не о самой истории, а скорее о «человеческом опыте». Age of Mythology с её фокусом прежде всего на мифологических аспектах, а не на истории, разрабатывалась не так, как предыдущие игры: у Ensemble Studios были опасения, что третья историческая игра «не сойдёт им с рук». Исходя из этого, команда разработчиков обсудила несколько альтернатив исторической игровой основе и в итоге остановилась на мифологии.

Серию Age of Empires часто хвалили за искусственный интеллект, используемый в играх. Во время разработки Age of Empires специалист по AI Дэйв Поттингер отметил, что команда разработчиков проработала над AI более года, уделив ему очень большое внимание. Он сказал, что AI игры ориентирован на тактику и стратегию, а не на жульничество[5], позднее подчеркнув, что команда серии Age of Empires очень гордится «честной игрой» своего AI[6]. AI для «The Conquerors» также уделили большое внимание, в результате чего появилась функция «умного крестьянина», ставшая популярной во всех последующих играх серии.[7] В «The Titans» продолжилась традиция вносить серьёзные изменения в AI в дополнениях: был разблокирован внутриигровой дебаггер AI — для использования при создании сценариев, а также было представлено больше «характеров» AI.

Великобритания - Вместо домов — особняки, которые стоят дороже. При постройке поместья появляется поселенец.
Пруссия - Помимо обычных поселенцев создаются возчики (поселенцы с фургонами), а с каждой поставкой прибывают бесплатные уланы.
Голландия - За обучение поселенцев надо платить деньги, можно создать только 50 поселенцев. Только голландцы могут строить приносящие прибыль банки.
Испания - Исследователь может создавать боевых псов. Испанцы быстрее набирают опыт, и к ним быстрее приходят из метрополии поставки.
Португалия - У исследователя есть опция «подзорная труба», с помощью которой можно посмотреть любой небольшой участок карты.
Российская империя - Поселенцы и пехота создаются группами. Казармы и заставы совмещены в одном строении (острог). Российская пехота слабее европейской, но многочисленее и дешевле.
Османская империя - Поселенцы создаются бесплатно.
Франция - Вместо обычных поселенцев создаются трапперы.

Первое дополнение The WarChiefs добавляет в игру три нации коренных североамериканцев — ирокезов, сиу и ацтеков. Появляются новые юниты: колониальная милиция — пехота колониальной армии, одна из которой тренируется в боевых хижинах, а другая дается в начале игры и отправить из родного города ее невозможно. Боевая хижина — такое же здание, как и европейские аванпосты, только создают индейских воинов и стреляют по врагам стрелами. В европейских державах поселенцы могут строить салуны — специальное здание, где тренируются наемники и бандиты. У туземцев вместо поселенцев крестьяне. Также они могут строить окопы — источник различных улучшений деревни. Для этого надо направить селян танцевать в окоп. Также добавлены новые одиночные карты и приёмы ведения игры. Кампании дополнения описывают жизни двух других членов семьи Блэк: Натаниэля и Чэйтона, отца и сына Амелии, соответственно. С Кругом их истории никак не связаны. Натаниэль участвовал в Революционной войне, а Чэйтон боролся с сиу против американской армии.
Второе дополнение The Asian Dynasies добавляет в игру три азиатские державы — Японию, Китай и Индию. Кампании дополнения никак не связаны с семьёй Блэков.