В первой части мы уничтожаем город чёрных. Чёрные - это гуманоидные существа, способные использовать свою психическую энергию, чтобы, например, приходить к главному герою в видениях, один раз в ходе прохождения мы можем найти станцию, на которую нападали чёрные, все люди там убиты необъяснимым образом. В конце игры мы устанавливаем прибор для наведения ракет на их город и у нас есть выбор: или в последний момент передумать и уничтожить наводчик, чтобы получить хорошую концовку или смотреть, как ракеты уничтожат их логово и получить каноничную концовку.

Во второй части выясняется, что не все чёрные были уничтожены. Выжил детёныш черных и мы начинаем его поиски, в результате которых вместе с чёрным попадаем в плен к фашистам. Артёму (главный герой игры) вместе с Павлом, ещё одним пленником, который является офицером красных удаётся сбежать из плена и добраться до станции Театральная, после чего он попадает в плен к коммунистам. Благодаря Леониду, сыну генерала Москвина, лидера коммунистов, он сбегает и попутно узнаёт о том, что его батя собирается захватить все станции метро.

В конечном итоге он находит чёрного и понимает, что уничтожение логова было ошибкой. Артём сохраняет ему жизнь, и они начинают путешествовать вместе.

В бункере Д6 они обнаруживают дверь, за которой находятся другие чёрные пребывающие в спящем состоянии. Мельник (персонаж из первой части который помог в уничтожении города чёрных) соглашается открыть дверь, если чёрный поможет им. Они направляются в Полис, где проникают на собрание красных и разоблачают Москвина при помощи чёрного, после чего последний уходит. Далее выясняется, что Москвин лишь марионетка, а главный злодей здесь Корбут, который уже приступил к штурму бункера Д6. Начинается последняя битва.

Спартанцы (группировка, созданная с целью защитить людей от мутантов, состоит преимущественно из военных) проигрывают, Мельник просит Артёма нажать на рубильник, чтобы взорвать бункер, но приходят чёрные и спасают всех кому ещё можно помочь.